第六季紧接第五季结局，克拉克在幻影区释放了佐德将军的恶灵，巨石阵崩塌导致裂缝扩大，斯莫维尔镇上空出现了第二个月亮。莱克斯·卢瑟在知晓克拉克秘密后，暗中组建了秘密实验室研究氪星科技，同时与拉娜的婚姻在谎言与利用中走向毁灭。佐德将军的肉身从幻影区逃出，但来到地球后发现氪星已灭，他将怒火转向了克拉克，要求克拉克用氪星钥匙打开“孤独堡垒”的最终密室——里面存放着一支足以重塑地球生态的“世界引擎”。克拉克必须在拯救小镇、保护朋友、阻止莱克斯之间做出选择，而他第一次意识到，有些敌人无法用力量打败，比如曾经最好的朋友。
第六季是系列转折点，彻底告别青春校园路线，走向成人世界的沉重。莱克斯彻底黑化的过程写实而令人心碎，佐德将军的压迫感历代最强。
私立百花王学园举办百年祭典“最终博弈”，败者将彻底失去人生，蛇喰梦子迎来了最疯狂的对手——人工智能。
六十年代的台北眷村里，一群来自大陆各省的人在这里活着、爱着、恨着，却再也回不去了。
一名博物馆夜间保安实际上是国际头号通缉犯“魅影”，她偷艺术品不是为了钱，而是为了用真迹替换掉全球博物馆里的“政治正确赝品”。
姐姐被家暴致死，妹妹花了十五年成为法官，只为亲手审判那个男人。
大城市来的护士梅琳达决定留在维琴河小镇，却发现自己怀了已故前夫的试管婴儿。
赵甲第接手父亲破产的集团，却发现当年害父亲入狱的仇人，正是如今要娶他母亲的那个男人。